元、明两代的中央王朝在滇西北区域延续了一贯的羁糜政策。
即通过扶持土司进行间接统治，由于地理位置偏远，这些地区常常处在中央王朝统治者的视野之外，地方的经营与发展也多由势力较为强大的土司掌控。
时至明末清初，蒙藏势力结盟后异军突起，继而掌控了西藏的大片土地，滇西北地区再度成为与蒙藏势力接触的前沿，处于边缘的中甸等地一时成为了各种势力交锋的热点地区。
由于位处连接滇川藏的重要交通节点，中甸对于稳定蒙藏的战略作用凸显，逐渐受到来自中央政权上层的重视。
早在清军入关前，后金政权上层就已经意识到拉拢蒙古、西藏势力的重要性，为了与明朝政权抗衡，后金政权采取联蒙联藏的政策，极力笼络蒙藏的上层。
皇太极与蒙古王公和西藏达赖保持密切的联系，设立理藩院，负责蒙藏事务。
至顺治、康熙时期，清中央王朝入主中原，也延续了原来对蒙藏的一贯政策。
顺治十年（1653年）时，皇帝邀请达赖入京，册封其“达赖喇嘛”称号，而后又对蒙古和硕特部固始汗册封；康熙时，又册封了班禅喇嘛。
清王朝通过对蒙藏势力的册封，加强了清政权在西藏宗教势力中的影响，同时也利用青海蒙古和硕特部的势力。
完成对青、康、藏地区的间接统治，巩固了中央王朝与西藏和青海蒙古的联系。
对于边缘地区依附于明朝的土司势力，清王朝通过“绥怀”的政策加以招抚。
进一步瓦解了明朝在边缘地区的统治，但并未放松对这些地区的控制权，这可以看作是清朝政权对明朝羁糜政策的一种延续。
清朝在掌握这些地区的控制权后，逐渐对原有的土司系统进行改土归流，把这些边缘区域直接纳入到中央行政的管辖范围当中，进一步扩大了清王朝的治理版图。
清初，丽江木氏土司率众归附清廷，自此滇西北的木氏集团正式被纳入清朝的管理。同一时期，清廷派吴三桂镇滇，效法明代沐英镇守云南。
吴三桂对滇西北地区采取了相应的治理政策，意在防范蒙藏势力趁乱南下。
吴三桂曾两次“寻（巡）边”滇藏边界，将木氏土司木懿羁押昆明，防范其与蒙藏势力勾连，并与蒙藏势力进行地理划界，将中甸等地划归于藏。
另外在滇西北区域不断加强军事防御。同时吴三桂却又在暗中与西藏的达赖喇嘛势力一直保持密切联系，想为日后在朝廷的政治局势中增加筹码。
清康熙十八年（1679年），朝廷削藩引吴三桂作乱，康熙随即开始平定“三藩”。
吴三桂势力一度掌控云南大部，并以往年“献中甸于番”为由意图拉拢蒙藏势力，中甸的实际控制权虽然已经被蒙藏势力掌握，但西藏达赖与蒙古联合政权对清王朝态度暧昧，举旗不定。
而木氏土司虽然在蒙藏势力、吴三桂等势力的联合打击下，退居一方，但此时仍属于归附清廷的土司势力，也意图依靠朝廷重新夺回对中甸的管理权。
以上的局势使得蒙藏势力、吴三桂势力和木氏土司三方势力在中甸地方陷入政治拉锯的局面。
到康熙平吴三桂时，希望五世达赖喇嘛能出兵助朝廷一臂之力，但达赖迟迟不动，还请求康熙罢兵，结果遭到康熙的坚决拒绝，并要求蒙藏势力“恪守前言，勿扰滇民”。
康熙二十年（1681年），清朝平定吴三桂取得胜利，吴三桂死，康熙意识到滇西北中甸、维西等地为通藏咽喉，在军事上对于治理蒙藏战略要意明显。
平定“三藩”后，云贵总督蔡毓荣也向兵部疏言，中甸向属丽江，早已内化，只是被吴三桂割与蒙古，随即康熙遣移文大将军贝子章泰“酌量遣拔绿旗官兵前往镇守”。
但蒙藏势力以本就遵循理藩院制而治理中甸为由，拒绝向清廷归还中甸。
康熙五十六年（1717年），蒙古准噶尔部叛乱入侵西藏，掌控西藏的蒙古和硕特部拉藏汗被杀，蒙古和硕特部势力淡出西藏，准噶尔部兵临川滇边界。
康熙于次年（1718年）征讨准噶尔部，但遭遇失败，之后康熙调整用兵战略，兵分三路再次入藏。
年羹尧奏疏康熙，强调理塘、巴塘、中甸与四川接近，在对藏用兵的军事策略上，滇省之兵可取道中甸、巴塘、理塘与川兵合势，以平准噶尔。
滇西北的中甸又一次成为重要的战略通道，康熙采纳年羹尧的意见，令都统五哥率滇兵占中甸而入川，并在中甸的“扎杂（格咱）、奔杂栏（奔子栏）”等渡口派遣绿营兵驻扎。
平定蒙古准噶尔部在西藏叛乱之后，清王朝更为清醒的认识到中甸在治藏上的军事战略作用。
几任云贵总督、提督都考虑到中甸地区在历史上与木氏土司的关系，相继上书朝廷将巴塘、理塘、中甸等木氏土司旧时辖地划归云南；
而以四川总督年羹尧为首的大臣则认为里塘、巴塘“为川省边隘”且“向为西藏侵占”，恐若将两地划归云南后，在治藏的军事战略上不利于开展，奏请将巴塘、理塘仍归四川管辖，以求“有济军务”。
最终康熙同意了年羹尧的奏请，命“巴塘、里塘地方应暂归四川统辖，俟事平之后，再照原议，改隶云南。”
随后，巴塘、理塘归川的隶属关系便一直延续下去，成为定局。
清政府及康熙皇帝已经意识有必要进行滇、川、藏行政的分界，但基本把中甸视作云南的一部，而对巴塘、理塘的归属未作出决断。
主要原因是当时清王朝将主要精力放在对准噶尔的军事行动，虽对地方边界问题有所查，但仍以大的平叛行动战略为重。
而到雍正时期，准噶尔叛乱已经平息，清王朝便着手开始了对滇、川、藏三地进行明确的划界。
康熙前，清王朝为了稳定蒙古和西藏，实行理藩院制度管理蒙古各部，坚持“以蒙治藏”的治理策略，而朝廷则是间接管理西藏。
在平定准格尔部的叛乱后，康熙帝认识到通过蒙古势力间接治理西藏不妥，更易使蒙藏“合而宿奸”，逐渐改变了这一治理策略。
清军占领西藏后，康熙借清军入藏之机，在西藏册封蒙古王公，分散治理藏区不同区域，又任命西藏地方首领，组成地方政府，实行“以藏治藏”的政策。
康熙在西藏多封众建的政治策略，使得西藏各部的地方力量被分散开来，短期难以成势。
但这一政策的实施也招致了原本在藏区占有优势地位的蒙古和硕特部势力的不满。
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