特别篇是基于游戏设定的，与动画相比与游戏更贴近。不过也在一些细节上与游戏原设有些不同之处。主要区别如下：
各篇章的故事与游戏相关程度不一：有些篇章与游戏流程较为一致，有些在地图行进路线、挑战道馆顺序、宝可梦联盟等方面略有区别，有些篇章几乎完全原创。主角即宝可梦图鉴持有人的数量与游戏版本严格保持一致，游戏中获得图鉴的角色不一定对应特别篇中的图鉴持有人而宝可梦图鉴一般可以记录见到的宝可梦的信息，还有一些原创功能。图鉴介绍源自游戏中的各个版本，形象图与文字描述不一定一致。有些宝可梦的身体大小会比较夸张，特别的宝可梦，专属的宝可梦与其他人物有些区别，典型的案例是渡的快龙。而一些在游戏中不能学习飞翔的宝可梦在特别篇中能载人飞行。例如：小蓝的胖丁和水箭龟、小黄和秀则的巴大蝶、阿金的巨翅飞鱼、大吾的巨金怪、萨奇的宝石海星、弗拉达利的暴鲤龙等。
早期很多游戏设定还不完善，这在宝可梦动画中也是出现过的，出现过许多现在看来有些难以接受的内容。例如阿桔的阿柏怪被斩断，坂木杀死野生的鸭嘴火兽等稍显暴力的画面。
《精灵宝可梦特别篇》在中国大陆最初是由轻工业出版社以宠物小精灵特别篇为名出版了前七卷，图源使用的是香港版，里面的具体名词大多更换为台湾译名。因为未知原因而并未继续发行。
2005年，吉林美术出版社获得出版权，以神奇宝贝特别篇为名，一方面在自己的小学馆授权漫画杂志《龙漫》上进行连载。另外一方面，根据连载进度出售单行本漫画。已经出版的部分，前七卷使用轻工版的图源，并修改了其中的一些译名，后面使用日本图源自行翻译制作。从29卷开始，更名为精灵宝可梦特别篇。连载进度一度与日本接近。
2014年8月号开始，《精灵宝可梦特别篇》停止连载，官方公布单行本会继续出版。
2015年1月号开始龙漫休刊，之后龙漫官网和吉美文化官网都被关闭，吉美文化的相关社交媒体也不再发布公告。此后，在2016年1月出版了《精灵宝可梦特别篇37》。而且之后再度没有了下文。
现在如果想看《神奇宝贝特别篇》，也就没了官方资源了，各位小伙伴，你们心目中的小智应该怎么样呢，《神奇宝贝特别篇》哪方面是各位小伙伴想了解的呢？希望各位小伙伴多多点赞，多多关注哦！
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