随着剧情的推进，剧情中加入了两个人，他们的出现开始时让大家误以为是即将进入主线剧情，结果都是卧底，还都是正派高层人物，一个是FBI高层：

冲矢昴，自称是东都大学工科研究生，由于原来租住的房屋在一次事件中被纵火，现暂住在工藤新一家。是个左撇子，总是眯着眼睛，身手矫健，推理能力极强。知晓柯南真实身份，经常协助柯南等人，柯南对他也非常信任。确认其真实身份为FBI搜查官赤井秀一。赤井在设计诈死后易容成冲矢昴身份再次出现，目的是暗中保护灰原哀。

​另一个是警察局高层：安室透本名降谷零，真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底，组织代号“波本”（Bourbon）。表面职业为私家侦探、咖啡厅服务生，在毛利侦探事务所楼下的波洛咖啡厅打工。擅长搜集情报，有极强的观察力与推理能力。曾伪装成伤疤赤井来观察赤井秀一是否已死。为了调查毛利小五郎与雪莉是否有关联而接近毛利并拜毛利为师，后对柯南的身份产生了兴趣。对FBI成员进行了一系列试探，推断出赤井秀一未死和赤井假扮为冲矢昴活动。由赤井秀一揭晓其真名和日本公安警察的身份。

​尤其是冲矢昴，竟然是赤井秀一，传说中第一个知道柯南真是身份的人！在黑衣组织中炸死，结果易容成冲矢昴还住在了新一的家中，可能一方面是为了保护灰原哀，还有一点就是住在新一家可以掩盖新一的存在的痕迹，这么想想，可能身边的人，博士，灰原哀，安室透，冲矢昴都知道柯南的真是身份，只有小兰不知道真相，想想小兰以后知道这件事怕不是要跆拳道伺候了……

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